welblog-dochi-01  

威健生技部落格搬到 新家 嘍!

目前舊的痞客邦已不再更新,

同文章請移至新網址 -> [NGS]RNA-seq vs. Microarray

數十年來microarray做為研究大量基因表現差異的主要技術,近年由於NGS的發展,NGS具有可針對非模式物種、高靈敏度、進行基因註解的優勢在特定的分析策略下得以漸漸取代microarray 

 

Microarray必須經由已知的probe藉由hybridization的方式判定RNA表現量。除了必須有已知的序列限制外,hybridization的方式也會有background的干擾,影響表現量的差異性。RNA-seq則沒有以上這些限制,並且可以針對RNA splicingisoform 進行研究,也可以和最新的database進行分析比對,相較於microarray是對固定的database進行分析,RNA-seq在後續分析更有彈性。

 

Platform

NGS

Microarray

Sample Requirements

Strict

General

Sensitivity

Better than array

Good

Databases

Latest

Irregular update

Re-analysis

Flexible

No

Discovery Splicing

Yes

No

Price

High

low

 

文獻指出,利用illumina RNA-sequencingmicroarray比較liverkidney基因表現情形1illumina sequencing比起microarray可以偵測到更多表現量不同的基因(如圖一),並且可以看出exonjunction間比對回去的reads數的差異性,之後進一步經由qPCR驗證也發現sequencing data的基因表現差異與真實的生物體基因表現差異較為一致。由此可知,RNA-seq在分析的限制較microarray少,可以提供更多基因表現分析。

 

另外由另一篇文獻研究指出,在human B-cell上藉由RNA-seq 和microarry 的實驗針對20 individual gene 其Dynamic range的比較,也發現RNA-seq相較於microarry有較大的Dynamic range以及變異係數2

 

由此可知在一定的定序量下,RNA-seq比起microarray可以獲得較多的分析資訊,包含novel gene prediction, isoform detection, 又可以有較廣的訊號範圍。

 

 f1-1    

圖一:利用Venn diagram顯示sequeningarray overlap的基因個數以及unique的基因個數結果顯示sequencingunique基因數遠大於array

 f2  

圖二:20個human B-cell 基因藉由RNA-seq 和microarray比較Dynamic range和變異係數的差異。

 

1.John C. Marioni, et al.,RNA-seq: An assessment of technical reproducibility

and comparison with gene expression arrays , Genome Research, 18:1509–1517 (2008)

2.Toung JM et al., RNA-sequence analysis of human B-cells,Genomic Reseach, 21:991–998 (2011)

文章標籤
創作者介紹

威健生技 Welgene Biotech Co., Ltd.

威健生技 Welgene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()