定序的規格很多種，Single end、Paired end，究竟我們該怎麼選擇呢?
在先前我們已經探討過[NGS]不同定序規格對於NGS定序結果的影響
針對RNA主題上，選擇定序方法的時候，大致可以依照需求進行下面的選擇
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Single end |
Paired end |
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適合方向 |
針對高度表現基因或較低表現量基因，看樣品間gene表現量差異，進行novel gene prediction |
除了SE可以進行之分析外，可進一步研究alternative splicing、insertions and deletions以及isoform、fusion gene |
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規格 |
50bp-10M/30M reads |
100bp-2G/4G reads |
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建議最低定序量 |
50bp/10M |
100bp/2G |
定序量的判定主要是由此公式：
Amount of Sequencing = Read length x Clustering No. x Type of Seq
Read length
指的是定序長度，例如 50 bp single end會產生50 bp的read length。
而paired end 和single end的比較原則如下：
Single end只針對contig的一端定序，但另一方面Paired end定序是從contig兩端，藉由兩端定序長度和unsequenced 的長度可以更準確的判定contig先後順序，提高mapping efficiency。
Clustering No.
指的是depth of coverage；Single end和paired end相比，相同的定序量single end可以得到更高的depth of coverage。例如同樣是2G定序量50 single end得到的取樣次數會比50 paired end多兩倍。
Type of seq
指的是single end 或是paired end 。例如100 bp paired end 相較於100 single end會得到 2 x reads。
依照不同的定序目的選擇不同的定序規格，才能夠得到最適合自己的資料 !!
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